К слову "ягодка" невозможно подобрать однокоренное проверочное слово с ударением на проверяемую гласную, значит, это слово будет относится к словарным.
Но в этом слове можно проверить согласную "д" в корне слова с помощью проверочных слов "ягода", "ягоду", "ягодам".
