Различие между структурой прокариотов и эукариот настолько велико, что считается самым важным различием среди групп организмов. Эукариотические клетки содержат связанные с мембраной органеллы, такие как ядро, тогда как прокариотические клетки этого их имеют. Различия в клеточной структуре прокариотов и эукариотов включают наличие митохондрий и хлоропластов, клеточной стенки и структуры хромосомной ДНК. Прокариоты были единственной формой жизни на Земле в течение миллионов лет до появления более сложных эукариотических клеток в процессе эволюции.